Apa dan Bagaimana Coronavirus

Livestockreview.com, Referensi. Coronavirus adalah virus RNA dengan ukuran genom yang cukup besar (33,5 kb), mempunyai genom tidak bersegmen, beruntai positif. Sifat genom ini membuatnya mudah dalam mengakomodasi dan memodifikasi gen. Virus ini yang dapat menyebabkan penyakit pada saluran pernapasan, pencernaan dan sistem saraf pusat pada hewan dan manusia.

Nah munculnya beberapa coronavirus patogen pada hewan menunjukkan bahwa virus ini memiliki kemampuan dalam menginfeksi dan teradaptasi secara transspesies. Coronavirus termasuk ke dalam family Coronaviridae dari subfamily Orthocoronavirinae. Terdapat empat genus di dalam subfamily Orthocoronavirinae di antaranya alphacoronavirus, betacoronavirus, gammacoronavirus dan deltacoronavirus. Alphacoronavirus dan betacoronavirus umumnya ditemukan pada mamalia, sedangkan gammacoronairus dan deltacoronavirus ditemukan dapat menginfeksi burung dan mamalia.

Genus alphacoronavirus terdiri dari virus yang ditemukan pada kelelawar, musang, mink, kucing, anjing, babi, dan manusia. Beberapa spesies coronavirus yang termasuk ke dalam genus alphacoronavirus adalah alphacoronavirus 1 (TGV, Feline coronavirus dan Canine coronavirus), Porcine epidemic diarrhea virus, Porcine respiratory coronavirus, swine acute diarrhea syndrome virus (SADV), Rhinolophus bat coronavirus HKU2, Miniopterus bat coronavirus HKU8, Miniopterus bat coronavirus 1A dan 1B; Bat Coronavirus HKU10, Human coronavirus 229E, dan Human coronavirus NL63.

Genus betacoronavirus yang terdiri dari virus subgroup A-D mampu menginfeksi manusia (seperti Middle East Respiratory Syndrome-Cov, SARS-Cov, Human coronavirus HKU1), sapi (Bovine coronavirus), babi (Porcine hemagglutinating encephalomyelitis virus), kuda (Equine coronavirus), tikus (Mouse hepatitis virus) dan kelelawar (SARS-related Rhinolophus bat coronavirus HKU3; Tylonycteris bat coronavirus HKU4; Pipistrellus bat coronavirus HKU5; Rousettus bat coronavirus HKU9). Sedangkan infectious bronchitis virus, Turkey coronavirus dan Beluga whale coronavirus termasuk dalam genus gammacoronavirus (Woo et al. 2010). Genus deltacoronavirus terdiri dari Bulbul coronavirus HKU11, Thrush coronavirus HKU12, porcine deltacoronavirus HKU15 dan Munia coronavirus HKU13

Gejala Klinis
Coronavirus mampu menimbulkan penyakit dalam bentuk yang bervariasi baik pada hewan ternak dan hewan kesayangan. Feline coronavirus (FCov) memiliki dua bentuk klinis yang berbeda pada bangsa kucing (Felidae). Canine coronavirus (CCoV) adalah alphacoronavirus yang menginfeksi bangsa Canidae yang berkaitan dengan enteric coronavirus pada kucing dan babi. Infeksi CCoV umumnya menimbulkan gejala klinis yang ringan berupa diare dan dehidrasi serta enteritis pada anak anjing dibawah umur 12 minggu. Pada beberapa kasus, CCoV dapat berakibat fatal terutama jika terjadi koinfeksi dengan penyakit virus lain seperti parvovirus.

Infeksi coronavirus pada hewan ternak seperti pada sapi disebabkan oleh bovine coronavirus (BCoV). Infeksi BCoV menyebabkan kerugian ekonomi yang signifikan baik pada industri sapi pedaging dan perah akibat gangguan pada sistem pernafasan dan pencernaan pada pedet dan sapi dewasa diikuti dengan penurunan produksi dan reproduksi dan Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV) menyebabkan gastroenteritis yang parah pada anak babi. Kerugian ekonomi peternak babi diakibatkan oleh tingginya morbiditas dan mortalitas oleh TGEV dan PEDV. Infectious bronchitis virus (IBV) yang termasuk ke dalam genus gammacoronavirus menjadi salah satu agen penyakit yang berpengaruh pada industri perunggasan. Infeksi IBV terutama terjadi pada saluran pernafasan, organ reproduksi dan ginjal.

Inang Virus
Coronavirus juga dapat ditemukan pada hewan liar seperti kelelawar, landak, kelinci liar dan rodensia. Kelelawar merupakan mamalia dengan kemampuan terbang yang sangat baik sehingga memiliki cakupan jarak migrasi yang lebih luas dibandingkan dengan mamalia darat. Cakupan jarak migrasi kelelawar yang jauh dihubungkan dengan kemampuannya dalam mentransmisikan berbagai penyakit di antaranya bat lyssaviruses (Rabies virus), henipaviruses (Nipah virus dan Hendra virus), CoVs (SARS-CoV, MERS-CoV, dan SADS-CoV), dan filoviruses (Marburgvirus, Ebola virus, dan Mengla virus) (Wang & Cowled. 2015).

Diversitas coronavirus sangat dihubungkan dengan keragaman spesies kelelawar. Terdapat lebih dari 1.200 spesies kelelawar di seluruh dunia yang membuat kelelawar menjadi ordo mamalia terbesar kedua setelah rodensia terhitung sekitar seperlima dari semua spesies mamalia atau mewakili 20% keragaman mamalia di seluruh dunia . Anthony et al. (2017) mengestimasi bahwa setidaknya terdapat 3.204 coronavirus pada lebih dari 102 spesies kelelawar dan beberapa di antaranya bersifat zoonosis.

Beberapa spesies coronavirus dari genus alphacoronavirus dapat ditemukan di kelelawar. Miniopterus bat coronavirus 1 (BtCoV 1) adalah alphacoronavirus pertama yang ditemukan di Hong Kong dari tiga spesies kelelawar Miniopterus yang berbeda yaitu Miniopterus magnate, Miniopterus pusillus dan Miniopterus schreibersii. Bat coronavirus HKU10 merupakan novel alphacoronavirus yang ditemukan pada surveilans tahun 2005-2010 di China. BatCoV HKU10 ditemukan pada Rousettus leschenaulti (Megachiroptera) di Guangdong dan Hipposideros Pomona (Microchiroptera) di Hong Kong.

Tidak ditemukan gejala klinis pada kelelawar yang terinfeksi virus ini, namun kelelawar Hipposideros Pomona menunjukkan berat badan yang relative lebih ringan dibandingkan dengan kelelawar yang tidak terinfeksi. BatCoV HKU10 hanya ditemukan pada sampel saluran pencernaan. Ditemukannya BatCoV HKU10 pada Rousettus leschenaulti dan Hipposideros Pomona menunjukkan bahwa coronavirus mampu bertransmisi secara efisien secara inter-spesies di antara subordo kelelawar yang berbeda.

Wabah oleh Swine acute diarrhea syndrome coronavirus (SADS-CoV) yang dianggap berasal dari spesies kelelawar Rhinolophus menjadi penyebab kematian 24.693 babi muda pada 4 peternakan babi di China (Zhou et al. 2018). Bat betacoronavirus memiliki lebih sedikit spesies inang dengan keragaman yang lebih rendah jika dibandingkan dengan bat alphacoronavirus. Di antara reservoir betacoronavirus yang sebagian besar besar ditemukan mampu menginfeksi manusia, Rhinolophus spp. (R. sinicus, R. pusillus, R. macrotis, dan R. ferrumequinum), ditemukan menjadi inang utama SARS-like CoV di China.

Kemudian rentang inang SARS-like CoV meluas pada Chaerephon spp. di China dan Hipposideros serta Chaerephon spp. di Afrika (Lau et al. 2005; Li et al. 2005; Yuan et al. 2010). Beberapa bat SARS-like CoV berpotensi untuk ditransmisikan pada manusia atau hewan lain seperti musang karena dapat menggunakan reseptor seluler ACE2 pada manusia, kelelawar dan musang secara efisien.

MERS-CoV yang termasuk ke dalam Betacoronavirus memiliki kedekatan dengan Tylonycteris bat CoV HKU4 (Ty-BatCoV HKU4) pada Tylonycteris pachypus dan Pipistrellus bat CoV HKU5 (Pi-BatCoV HKU5) pada Pipistrellus abramus di Hong Kong. Memish et al. (2013) menemukan infeksi MERS-CoV pada Taphozous perforates di Saudi Arabia. Rousettus bat coronavirus HKU9 (BtCoV HKU9) pertama kali ditemukan pada R. leschenaultia di Guangdong dan pada Hipposideros sp di Yunnan. Kelelawar yang sama dapat mengalami koinfeksi dengan dua atau tiga genotype BtCoV HKU9 yang berbeda. Genotype BtCoV HKU9 pada R. leschenaultii yang bervariasi diperoleh dari hasil kejadian mutasi dan rekombinasi.

Sistem metabolisme dan kekebalan spesifik yang dimiliki oleh kelelawar memungkinkan kelelawar untuk resisten terhadap berbagai jenis virus. Selain itu, tingginya populasi kelelawar diikuti dengan behaviour yang berkelompok menjadikan kelelawar sebagai inkubator virus yang ideal untuk terjadinya koinfeksi, rekombinasi dan penularan coronavirus secara intra-spesies.

nCoV 2019
Coronavirus (CoV) menjadi virus zoonosis ketiga pada manusia yang muncul pada Desember 2019, di Wuhan, Provinsi Hubei, Cina. Virus ini memiliki gejala klinis yang serupa dengan infeksi (SARS-CoV) dan infeksi (MERS-CoV) yaitu pneumonia termasuk demam, kesulitan bernapas, dan infiltrasi paru-paru bilateral pada kasus yang paling parah. Sequence pertama 2019-nCoV telah dipublikasi secara online setelah satu hari dikonfirmasi atas nama Dr. Yong-Zhen Zhang dan para ilmuwan di Fudan University, Shanghai.

Selanjutnya, lima sequence 2019-nCoV tambahan disimpan pada basis data GSAID pada 11 Januari dari institut di seluruh China (CDC Cina, Institut Virologi Wuhan dan Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College) dan memungkinkan para peneliti di seluruh dunia untuk mulai menganalisis CoV baru. Sumber 2019-nCoV masih belum diketahui dan masih dilakukan riset lebih lanjut.

Penulis: NLP Indi Dharmayanti, Peneliti Molekular Virologi, Pusat UngguIan Iptek Veteriner (PUI) Veteriner, BBLitvet, Balitbangtan, Kementan | editor: Soegiono